潔凈車間如果設計是正確、合理的，施工建造是高質量的，但在運行維護管理中不科學、不嚴格、必將使潔凈車間的空氣潔凈度逐漸下降，造成實際生產環境中的多項指標偏離規定要求，從而產品質量下降，甚至不合格—：
潔凈車間人員管理，制定專職管理人員的職責、潔凈車間人員的準入制度、人員培訓教育規定、進入潔凈車間人員的“人凈程序”管理。物流管理，物料進入、各類設備進入，以及相關設備、管線的維護管理，應做到不得將微粒、微生物帶入室內。潔凈度管理，包括潔凈服采購和制作、潔凈服使用管理、(潔凈車間)潔凈服的清洗規定等。
潔凈車間清掃、滅菌：
1.潔凈室的清掃一般須在生產工藝結束后進行；如有必要在生產前清掃，則工藝生產必須在凈化空調系統開機運行時間達到潔凈要求后方可開始進行。為防止交叉污染，清掃潔凈廠房設施均應按產品特點、工序要求、潔凈度等級不同分別專用。
清掃工具一般采用集中固定式和便攜移動式真空清掃設備。如不具備上述條件，也可采用不掉纖維的材料如絲光毛巾、尼龍布進行擦拭，一般每天1次或數次。
工作臺及工器具清掃一般每天一次；10～1000級廠房墻壁、地面清掃，一般每周一次，1萬～10萬級每月一次。凈化空調系統每年宜清洗1～2次，并委托專門清掃人員進行——凈化車間公司友情指出！
2.潔凈室滅菌
對生物潔凈室，除對送入潔凈室的空氣中的生物或非生物微粒數要受到控制，還要對室內器具、地面、墻面、壁板等表面進行消毒處理。空氣潔凈技術不能殺滅細菌，生物潔凈室運行管理中必須采取消毒、滅菌措施，減少微生物在潔凈室中的生存、繁衍。
目前，傳統滅菌方法為：紫外線滅菌、藥劑滅菌、加熱滅菌和臭氧滅菌法。它們安全可靠性都很好，應用最為廣泛。
