缺少管理標準
我國自實施醫院后勤社會化改革以來取得了顯著的進步。部分公立醫院參照歐美國家醫院管理經驗，引進ISO質量管理體系以及美國JCI、德國KTQ認證制度，率先開展的認證的醫院已達20多家。但是仍然難以改變我國醫院后勤管理落后的現狀。乞今為止，我國沒有一部全國醫院后勤管理服務標準。
2011年，國家衛生部[衛醫管發33號]出臺了《三級綜合醫院評審標準》(2011年版)，此標準首次將醫院后勤保障管理列入等級醫院評審中。標準中只有10個條款，遠遠不能滿足我國現代化醫院后勤管理發展的需要。有些省市衛生行政部門出臺過醫院后勤管理規范，如江蘇省衛生廳出臺的《制定醫政管理規范之十七醫院后勤部門建設管理規范》，在全國衛生系統中較早地提出了醫院后勤管理考核評價標準，但是與我國醫院后勤管理規范化和標準化仍有很大距離。
缺乏職業化培訓
隨著我國公立醫院的快速發展，各種現代化設施及智能化控制等新技術新裝備應用到醫院后勤保障系統，促使醫院后勤保障系統成為集管理、服務、自動化、智能信息化為一體的專業化保障體系。隨著醫院后勤服務社會化的普及，各級公立醫院后勤管理人員自然減員主要是以退休為主，幾乎沒有補充渠道，十五年來，我國公立醫院已經出現后勤管理人員年齡老化、知識陳舊、隊伍萎縮、缺乏專業化培訓，難以適應現代化醫院后勤改革與發展需要，特別是面對當今社會的發展，現有公立醫院后勤管理人員缺乏專業化培訓已經成為普遍存在的現象，我國各級公立醫院后勤管理人員已經處于清黃不接的狀態。后勤管理隊伍已經不能適應現代化醫院的發展需要。其主要原因是：我國公立醫院管理沒有去行政化，管理人員沒有實行職業化，高等教育和職業技術教育缺少醫院后勤專業設置，公立醫院更是缺乏接受過有醫學背景教育的職業化、專業化人員的補充及后續培訓學習。
一把手缺乏改革意識
隨著我國現代化醫院建設及發展，公立醫院不論在規模上還是在現代化裝備上得到了顯著發展，保障設備的現代化、自動化、智能化已經在醫院運營中起著舉足輕重作用。醫院后勤保障水平不僅直接影響到醫療服務水平，而且還間接影響到醫院聲譽度和美譽。在深化醫藥衛生體制改革中，大多數公立醫院黨政一把手沒有像四川大學華西醫院黨政一把手那樣高度重視醫院后勤改革及發展，沒有抓住機遇，率先改革醫院后勤運行保障機制，使之適應現代化醫院發展的需要。各級政府缺少頂層設計，缺乏對醫院后勤整體性改革的認識，嚴重影響了我國公立醫院后勤管理水平的提高。
后勤缺少指導標準
隨著我國現代化醫院建設及發展，公立醫院管理發生了巨大轉型。我國公立醫院回歸公益性，各級公立醫院后勤服務項目將全部推向市場化、社會化，公立醫院將完全采用采購購買服務方式，由服務外包企業承擔醫院服務職能。公立醫院后勤職能發生了根本變化，將逐步轉變為委托、購買服務以及監督、管理合同執行及服務評價。但是由于我國公立醫院后勤缺少服務標準和質量標準，難于指導、評價和監管服務外包企業的工作質量，難以提高我國醫院現代化后勤管理水平。
缺乏監管人員
隨著我國公立醫院后勤服務化改革的進程，十五年來，各級公立醫院沒有渠道及時補充專業技術人員，導致我國公立醫院后勤管理嚴重斷檔，得不到所需要的后勤復合技術專業人員。由此，日常管理往往由服務外包企業管理人員承擔。但是服務外包企業管理人員缺少醫學背景，缺乏消毒、無菌概念及醫院感染等知識的訓練，從而在質量標準上與醫院管理標準及規范相差甚遠，不能滿足我國現代化醫院發展的要求。
