燃料電池的優點 ：
節能、轉換效率高、不需要石油燃料 ，除用汽油重整產生氫氣外，其他(甲醇、碳氫化合物等)燃料基本不用石油燃料。 由發動機經驅動系統到車輪的綜合效率，內燃機汽車為11%左右。以氫氣為燃料的FCEV實際效率達到50%～70%；用甲醇為燃料，經過重整產生氫氣FCEV，實際效率達到34%。可見，FCEV的實際效率大大高于內燃機汽車。
內燃機在額定功率附近才有最高效率，而在部分功率輸出條件下運轉，效率迅速降低。 燃料電池在額定功率下的效率可以達到60%，而在部分功率輸出條件下運轉效率可以達到70%，在過載功率輸出條件下運轉效率可以達到50～55%。高效率隨功率變化的范圍很寬，在低功率下運轉下率高，特別適合于汽車動力性能的要求。
內燃機過載能力低，在過載運轉時容易"熄火"。 燃料電池短時間的過載能力，可以達到額定功率的200%，非常適合汽車在加速和爬坡時動力性能的特征。 綜上幾點，燃料電池的節能遠遠超過內燃機，而且穩定性和可靠性高于內燃機。
排放達到零污染 內燃機排放廢氣中的有害氣體，對環境造成的污染是內燃機汽車的致命缺點，盡管采取了各種各樣的機內和機外的技術措施，只能是達到“低污染”的水平，由于內燃機汽車的數量龐大，即使是"低污染"也給地球環境帶來巨大影響。用氫氣作為燃料的燃料電池發動機主要生成物質為水，屬于"零污染"。用碳氫化合物作為燃料的燃料電池發動機主要生成物質為水、二氧化碳和一氧化碳等，屬于"超低污染"。出于對地球環境保護的要求和謀求新的能源，燃料電池發動機是比較理想的動力裝置，并有可能逐漸取代石油作為車輛的主要能源。
車輛性能接近內燃機汽車 內燃機的比功率約為300W/kg，目前燃料電池本體的比功率為700 W/kg，功率密度1000W/L。如果包括燃料電池的重整器、凈化器和附屬裝置在內，比功率為300～350 W/kg，功率密度280W/L。在能量方面燃料電池與內燃機相接近，因此其動力性能可以達到內燃機汽車的水平。
